デザイナーがデザインしたロゴを商標登録出願する場合、著作権はデザイナーに残ることになります。
その場合、デザイナーと契約を交わしておけば問題は起こりません。
心配なら、デザイナーからそのロゴの著作権を買い取ることも出来ます。お金は余計にかかりますが。
著作権と商標権の違いを学びましょう。
世界中みんなが好きなんや！
・・・というわけで、この宮崎駿のイラストをうちの会社の商標として使おうとおもうんや。商標登録出願しといてな。
どうなの、ふっくん？
でも、許諾を貰わずに勝手にイラストを商標として使うことはできません。
宮崎駿が描いたナウシカの絵を著作権者から許可を得てあいぴーの会社で商標登録出願出来たとしましょう。
そして、商標登録を受けたら、あいぴーは指定商品または指定役務限定でナウシカのイラストを商品またはサービスに使用することが出来るようになりますが、それだけです。
他の商品にまで使用してしまうと、著作権侵害の可能性だって生じますよ。
たとえば、指定商品「オルゴール」についてだけナウシカのイラストの商標を使用することを許諾されたのに、「ジグゾーパズル」にまでナウシカのイラストの商標を使用することは許されません。
しかもナウシカのイラストを商標として使うということは、「目立つように使う」ということではありませんからね。隅っこや裏側にちょっとだけ記載するような使い方が「商標的使用」ですので、「オルゴール」についてナウシカのイラストの使用許諾をもらっても意味なありません。ナウシカのイラストをオルゴールなどにつけたいなら、商標権を取るのではなくて、単純に著作権者からライセンスを受ければいいだけの話です。
有名イラストレーターの絵だろうが、アマチュア漫画家の絵だろうが、自称デザイナーのロゴデザインだろうが、他人が著作権を有するイラストを商標として出願し登録を受けることはできます。
許諾さえ得れば問題はないのです。
ただし、著作権者と全く関係のない人が勝手に有名著作物を商標登録出願すると、商標法４条１項７号または1号違反を理由に拒絶されるものと考えられます（商標法１５条）。
無名だと商標法４条１項７号や15号には該当しにくいのでそれを理由に出願拒絶されることはないと思います。
ただし、著作権者に無断で商標登録出願し、仮に登録を受けることが出来たとしても、商標法２９条の規定により商標を使用出来ません。
というわけで、「他人の著作物を勝手に商標登録出願しても商標として使えない」のです。
